Ziel des Protokolls ist die gegenseitige Anerkennung von Dopingkontrollen und eine wirksamere Anwendung des Übereinkommens. Zu diesem Zweck stellt das Protokoll sicher, dass die Vertragsstaaten die auf ihrem Gebiet an Sportlern und Sportlerinnen aus anderen Vertragsstaaten vorgenommen Dopingkontrollen anerkennen. Dadurch erspart man sich eine Vielzahl zweiseitiger Vereinbarungen und verstärkt die Wirkung von Antidopingkontrollen. Im gleichen Geiste stellt das Protokoll die erste rechtsverbindliche Vereinbarung des internationalen öffentlichen Rechts dar, mit der die Zuständigkeit der Weltagentur gegen Doping (World Anti-Doping Agency) zur Vorrnahme von Kontrollen auch außerhalb von Wettkämpfen anerkannt wird. Um die Wirksamkeit des Übereinkommens zu erhöhen, sieht das Protokoll ein verbindliches Überwachungsverfahren vor. Die Überwachung erfolgt durch ein Evaluierungsteam, das dem betreffenden Staat einen Besuch abstattet und anschließend einen Evaluierungsbericht vorlegt. Mit dem Protokoll zählt das Übereinkommen gegen Doping zu den ganz wenigen internationalen Übereinkommen, die mit einem wirklich bindenden Kontrollverfahren ausgestattet sind.