Le but du Protocole est d’assurer la reconnaissance mutuelle des contrôles antidopage et de renforcer l’application de la Convention.
A cette fin, le Protocole permet la reconnaissance par les Etats parties des contrôles antidopage sur leur territoire aux sportifs et sportives venant d’autres Etats parties à la Convention, ce qui permettra d’éviter la conclusion de plusieurs accords bilatéraux et d’améliorer l’efficacité des contrôles antidopage. Dans le même esprit, le Protocole est le premier instrument de droit international public qui reconnaît la compétence de l’Agence mondiale antidopage pour la réalisation des contrôles hors compétition.
Quant au renforcement de l’application de la Convention, le Protocole institue un mécanisme de suivi contraignant. Ce suivi sera réalisé par une équipe d’évaluation au moyen d’une visite sur place dans l’Etat concerné et d’un rapport d’évaluation. Par ce protocole, la Convention contre le dopage se hisse au niveau d’un petit nombre de conventions internationales ayant un réel mécanisme de contrôle contraignant.