Le Protocole N° 11 constitue une rationalisation du système de contrôle du respect des droits et libertés garantis par la Convention (STE N° 5). Toutes les allégations de violation des droits des individus sont directement soumises à la nouvelle Cour unique et permanente. Dans la grande majorité des cas, la Cour siégera en Chambres de sept juges. La Cour statue sur les requêtes individuelles et les requêtes interétatiques.
Les affaires manifestement mal fondées peuvent être déclarées irrecevables par décision unanime d'un Comité de trois juges. Dans les cas exceptionnels seulement, la Cour, siègeant en Grande Chambre composée de 17 juges, se prononcera sur les questions les plus importantes.
Le Président de la Cour, les Présidents des Chambres et le juge élu au titre de l'Etat Partie mis en cause seront toujours habilités à siéger dans la Grande Chambre afin de veiller à la qualité et à la cohérence de la jurisprudence de la Cour et de permettre un réexamen pour les affaires les plus importantes. Un collège de cinq juges de la Grande Chambre déterminera si la demande de réexamen d'une affaire doit être acceptée.
Le Comité des Ministres n'a plus compétence pour statuer quant au fond, mais conserve un rôle important de contrôle de l'application des arrêts de la Cour.