Pour un fonctionnement plus satisfaisant de la Cour européenne des Droits de l'Homme, le Protocole apportera principalement les changements ci-après à la Convention (STE n° 005):
– Affaires manifestement irrecevables: les décisions d'irrecevabilité en pareil cas, prises actuellement par un comité de trois juges, le seront par un juge unique, assisté de rapporteurs non membres des organes judiciaires. L'idée est d'augmenter la capacité de filtrage de la Cour, en d'autres termes son aptitude à éliminer les affaires « désespérées ».
– Affaires répétitives : quand l'affaire fait partie d'une série résultant de la même déficience structurelle au niveau national, il est proposé qu'elle soit déclarée recevable et tranchée par un comité de trois juges (au lieu d'une chambre de sept juges), dans le cadre d'une procédure simplifiée.
– Nouveau critère de recevabilité : en vue de donner à la Cour davantage de souplesse, une nouvelle condition de recevabilité est prévue (outre les conditions existantes telle que l'épuisement des voies de recours internes, le délai de six mois). Selon cette condition, la Cour pourra déclarer irrecevables les affaires dans lesquelles le requérant n'a pas subi de préjudice important, à condition que le « respect des droits de l'homme » n'oblige pas la Cour à examiner l'affaire au fond et ne rejeter aucune affaire qui n'a pas été dûment examinée par un tribunal interne.
Aux termes du Protocole, le Comité des Ministres sera habilité, s'il en décide ainsi à une majorité des deux tiers, à introduire une procédure devant la Cour dès lors qu'un Etat refuse de se conformer à un arrêt. Le Comité des Ministres aura également le pouvoir nouveau de demander à la Cour l'interprétation d'un arrêt, ce qui l'aidera dans sa tâche consistant à superviser l'exécution des arrêts et permettra notamment de déterminer les mesures nécessaires pour se conformer à un arrêt.
Parmi les autres dispositions du Protocole, on peut citer une modification du mandat des juges, qui ne sera plus d'une durée de six ans renouvelable, mais de neuf ans non renouvelable, et une clause prévoyant l'adhésion éventuelle de l'Union européenne à la Convention.